土地纠纷是以法院判决为准，还是以确权证为准

法院会受理农村土地确权纠纷，但要经过政府处理之后。首先由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。法律依据：《土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
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一般土地纠纷案件必须依照《土地管理法》第十三条规定，先由当地土地主管部门行政调处。当事人对行政调处不服时，才能按规定依照司法程序解决。未经行政调处的法院不予受理。
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关于土地纠纷，如果对人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。